I.Hola Compañero, perdona si digo una tontería, pero me planteaba sí quizás se podría solucionar acortando el tiempo sin modificar la animación como explican aquí..
https://www.domestika.org/es/forums/937-informatica/topics/87860-after-effects-acortar-tiempo-sin-variar-animacion#
Googleando he visto una serie de incidencias que podrían guardar una relación directa con tu problema, siento no saber más, ojalá algún experto responda con más info. Ánimo,.
https://www.reddit.com/r/AfterEffects/comments/2grz44/after_effects_audio_suddenly_stops_playing/
https://forums.adobe.com/thread/2104336
https://www.youtube.com/watch?v=khZALLKtd-0
https://forums.adobe.com/thread/2319689
https://forums.creativecow.net/thread/2/1113055
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https://www.domestika.org/es/forums/928-multimedia/topics/85453-after-effects-cs5-mac-problema-con-el-audio#
https://www.youtube.com/watch?v=_wyzcSwlzNw