¿Puedo recuperar archivos de un pendrive infectado por troyano?

Ayer por la tarde metí mi pendrive en mi ordenador del trabajo y me dijo que el pen estaba dañado y no podía leer los archivos y me recomendaba reparar el pen. Como intenté abrir documentos y me decía que ni podía leerlos, le tuve que dar a reparar y se me convirtieron los archivos en accesos directos. Me extrañó mucho, pero le daba a los accesos y abría los archivos, así que no me preocupé demasiado... Por la noche metí el pen el mi ordenador de casa y detectó un troyano, obviamente le pase el antivirus y lo destruí, y desaparecieron todos los archivos (que ya eran accesos directos).

Tenía documentos importantes en él sin hacer copia (sí, ya sé que tendría que haberla hecho...), ¿hay alguna forma de recuperar esos archivos y documentos del pen? ¿Necesitaría alguno de los dos ordenadores para reparar los datos perdidos en el pen?