[Hola
Hay muchas cosas que se pueden hacer con VBA y los PDF de manera relativamente fácil: Convertir a pdf, rellenar formularios pdf, renombrar archivo y algunas cosas más.
Lo de buscar y/u obtener los datos desde un pdf cuando dicho archivo proviene de una imagen incluso es imposible, a menos que previamente se interactúe con una herramienta OCR, cosa que hacer desde VBA no es trabajo fácil. Lo otro es extraer datos tipo texto (que podría ser tu caso al ser inicialmente archivos de Excel) que puede ser más fácil si se pasa el pdf a *.txt, por ejemplo, ya que eso de buscar directamente en el pdf para luego extraer datos no es nada fácil.
Una alternativa es usar "SendKeys", pero ya sabemos que no es un método infalible, lo otro es interactuar correctamente con el objeto "Acrobat" y quizá así podría realizarse lo solicitado pero, igualmente hay que programar bastante y conocer bien las herramientas del pdf y como usarlas desde VBA con el objeto "Acrobat". Eso sí, hay que saber algo importante: Solo se podrá hacer si se tiene el "Adobe Acrobat Pro" o el "Adobe Acrobat Reader DC" y no otros visores de PDF.
Hay un par de manuales y algún ejemplo de interacción (que saqué de alguna web hace buen tiempo y adapté) que podrían dar luces pero, insisto, creo que no será cosa fácil.
Manuales para manejar archivos PDF (API):
http://www.adobe.com/content/dam/acom/en/devnet/acrobat/pdfs/iac_api_reference.pdf
http://www.adobe.com/content/dam/acom/en/devnet/acrobat/pdfs/iac_developer_guide.pdf
Incluyen código de ejemplos en VB, adaptables a VBA.
Ejemplos:
http://www.vbaexpress.com/kb/getarticle.php?kb_id=977
http://www.khk.net/wordpress/2009/03/04/adobe-acrobat-and-vba-an-introduction/
Abraham Valencia
PD: No, así los archivos provengan inicialmente de Excel eso en realidad, como lees, no facilita las cosas. Lo siento.