Como puedo quitar los repetidos y dejar un solo dato, sin modificar las demás tablas

Tengo una base de datos ya echa, en donde la tabla instituciones tiene datos repetidos y quiero dejar una institución única de todas las que hay y eliminar esos repetidos, pero tengo otras tablas relacionadas con primary key, y tendría que modificar esa información, para después borrar esos repetidos. Como puedo hacerlo. Usando código.