¿Has medido el nivel de cloro libre que tienes en la piscina? Deberías hacerlo, aunque sea con un medidor básico de colores y con reactivo DPD1.
https://www.bayrol.es/productos/confort/analisis-del-agua/pooltester-phcl/
¿Tienes sonda de control de ORP o Redox? Esta da la medida en mV y nos indica el estado de desinfección del agua.
¿Tienes control automático de PH?
Te dejo unos enlaces sobre la cloración salina que te pueden dar una pista sobre el mantenimiento de este sistema.
http://www.hablemosdepiscinas.com/foro/viewtopic.php?f=10&t=43
http://www.hablemosdepiscinas.com/foro/viewtopic.php?f=10&t=43
No obstante, aunque tengas cloración salina, has de dar cada cierto tiempo un choque de cloro (cada dos semanas o así, en época de uso), para eliminar las posibles cloraminas que tengas. A mi me gusta emplear mejor oxigeno activo (monopersulfato potásico), a razón de unos 20gr/m³, a fin de tener operativa la piscina al día siguiente.
http://tiendapiscina.com/tratamiento-con-oxigeno/10-oxigeno-activo-5.html
Tambien has de tener en cuenta que en los días de mucho sol y con afluencia de bañistas, el cloro se evapora con muchísima más facilidad por lo que no estaría de más que dieras un refuerzo con lejía, apta para la desinfección de agua (lo pone así la etiqueta), a fin de mantener un nivel de cloro libre que ayude a la producción propia del clorador salino. También hay gente que, a pesar de usar la cloración salina y, por comodidad, utiliza el estabilizante ácido isocianúrico, que evita que el cloro desaparezca con tanta facilidad por la incidencia de la radiación solar. Ojo, porque el nivel de estabilizante habría que controlarlo también y no debería superar las 30ppm. Este solo desaparece del agua cuando realizamos un relleno de agua por lo que normalmente, alcanzado el nivel optimo, solo hay que ajustarlo en esas ocasiones.
https://www.acti-chemical.com/es/productos/acti-estabilizante-cloro
https://www.tienda-piscinas.net/desinfeccion-con-cloro/4073-estabilizante-de-cloro-stabichloran-3kg-de-bayrol.html