Vale. Imagino que el problema de usar el comando FORMAT F: (para formatear la USB a la que se ha asignado la unidad F:) es que te pide cosas (como que confirmes la unidad y por tanto no es "autosuficiente" o que no sabes previamente de que unidad se trata. Lo primero se puede arreglar creando un archivillo de texto con un ENTER. Lo segundo habría que ver como tratarlo.
Pero probablemente es más razonable usar el DISKPART en lugar del FORMAT. Para ello hay que saber con que versión de Windows trabajas porque los comandos del DISKPART varían un poco según la versión. Para Windows 10 esto podría funcionar:
@echo off
>dskprttmp.txt echo list volume
for /f "skip=8 tokens=2,3,5,6,*" %%a in ('diskpart /s dskprttmp.txt') do (
echo %%c %%d ^^| find "Extra¡ble">nul && call :formatear %%b
)
goto :fin
:formatear
echo se va a formatear el volumen %1
>dskprttmp.txt echo select volume %1
>>dskprttmp.txt echo format fs=fat32 quick
diskpart /s dskprttmp.txt
:Fin