De todas formas he vuelto a leer lo que decías inicialmente y parece que el principal problema era el no poder elegir la carpeta de destino en el proceso de generación del autoextraíble de WinRAR. No tengo una gran experiencia previa en esta utilización del WinRAR pero he estado haciendo unas pruebas y parece funcionar correctamente. Te cuento lo que he hecho:
1. He revisado el valor de la variable de entorno APPDATA, entrando en una ventana CMD y tecleando SET. Así he visto que, el valor por defecto en mi equipo es: APPDATA=C:\Documents and Settings\GGG\Datos de programa
2. He generado un autoextraíble de WinRAR. Mi versión es la 3.10, bastante antigua, pero no creo que haya grandes diferencias en esto. Me he situado en la carpeta con los ficheros y carpetas a comprimir, seleccionando la opción "Añadir al archivo..." de WinRAR, en el menú contextual, pero eligiendo "Todos los ficheros" y "Abrir" en lugar de la opción por defecto "Todos los archivos" (sorprendente esta diferencia). He elegido el nombre del autoextraíble (digamos c:\tmp\pbaWRAR.exe), he marcado "Crear un archivo SFX", en la solapa "Avanzado" he pulsado "Opciones SFX", en la solapa "General" he rellenado la casilla "Carpeta de extracción" con el valor %APPDATA%, he marcado "Crear en esta carpeta" y he dado dos veces "Aceptar". Con eso se ha generado el autoextraíble en la ubicación seleccionada.
3. Mediante ventana CMD he tecleado c:\tmp\pbaWRAR -s (para que lo haga silenciosamente y no pida nada y he comprobado que en la ubicación indicada por la variable APPDATA se ha generado la carpeta comprimida con el contenido correcto. Si lo hago desde el explorador de Windows se abre una ventana de WinRAR en la que ya está relleno el path de destino (el valor de %APPDATA%) pero hay que pulsar "Instalar".
Si con este funcionamiento se cumplen tus expectativas podemos revisar si hay alguna diferencia entre lo que haces y lo que hago.