I. Hola Natasha, acabo de obtener el titulo de ESO por medio de las pruebas libres pero no estoy del todo seguro.
Como bien has explicado, en la prueba de acceso a grado medio, cada ámbito aprobado se queda 'salvado' para siempre, esto es seguro, se reserva la nota de manera permanente.
De esta forma, como yo lo veo, sólo tendrías que volver a presentarte en la convocatoria de Abril y aprobar ese ámbito, porque el título de ESO por si mismo ya permite entrar directamente en un grado medio/FP o comenzar bachillerato.
Si prefieres hacer la prueba de acceso a grado medio directa, creo que no obtendrías el título de ESO pero accederías a grado medio... por ese motivo pienso que habiendo aprobado dos ámbitos, merece más la pena seguir en pruebas libres para obtener el título de ESO, porque de ambos modos al superar el ámbito podrás acceder a un nivel superior con la ventaja en este caso de tener el título de estudios secundarios, que nunca está de más a nivel laboral.. sería mi sugerencia.
Respondiendo tu pregunta, creo que puede la normativa depender en gran medida de en qué comunidad residas, siento no saberlo a ciencia cierta, a ver qué puede comentarnos otra persona.
En estas páginas puedes ver información general sobre este tema, que quizá te despeje alguna otra duda. Suerte.
https://www.luis-vives.es/index.php/luisvives-blog/191-diferencias-eso-grado-medio
http://todofp.es/pruebas-convalidaciones/convalidaciones-equivalencias-homologaciones/convalidaciones/herramienta-convalidaciones.html
http://www.formaciona.es/preguntas-frecuentes-fp-online/