I. Hola Carlos, a un familiar le ocurrió lo mismo en su aire acondicionado, que acabó funcionando mal, creo recordar que el técnico retiró el nido sin más, pero por desgracia en su caso no puedo orientarle.
Quizás el experto Instalaciones Arribas pueda ofrecerle una solución.
Instalaciones Arribas
Pienso que en el lugar en el que han anidado, no perjudicarán al aparato, pero al utilizarlo sí podría dañar el nido, yo intentaría quitarlo sin dañar a los animales, pero tampoco tengo idea de cómo hacerlo, además he leido que por ley está penado destruir los nidos de ciertas especies,
Le dejo lo poco que he encontrado sobre el tema por si pudiese serle de utilidad. Mucha suerte.
http://micomuniweb.com/retirar-nidos-golondrina/
https://groups.google.com/forum/#!topic/es.rec.bricolaje/1M-UyxV60Wo
https://www.webcampista.com/foro/threads/nidos-de-pajaros-en-aire-acondicionado-dometic.42234/