Habría que ver todo el código, pero podría ser que lo que se ejecuta sea un evento. Ejemplo: si tienes la instrucción
Private Sub Worksheet_Change(ByVal Target As Range)
'ejecuta un código...
End Sub
Es un evento que se va a ejecutar cada vez que cambie el valor de una celda en la hoja. Si luego tu tienes una macro que cambia algo en la hoja, entonces automáticamente se va a "disparar" ese evento.
Esa es solo una opción, como dije, habría que verificar el código pero es una posibilidad bastante posible. Una opción para confirmar es que ejecutes tu código "paso a paso" para ver en que momento se está llamando a la segunda macro
Salu2