Baja en empresa por baja médica

Después de un año trabajando en la misma empresa en mis días de vacaciones sufrí una trombosis en una pierna, este hecho ha desencadenado que en la empresa no pase a fijo y me van a dar la baja como trabajador y pasarme a la mutua según me comentan ya que es una baja de una duración aproximada de 2 ó tres meses como mínimo, me gustaría saber cuales son mis derechos y si cobraría de la mutua y si fuera el caso, ¿se descontarán algo de mi derecho a paro?