Capacidad CPU de un VPS afectada

Hace tiempo que en mi VPS se consume toda la capacidad del CPU; sin causa aparente y estando desahogado de tráfico, la carga de las webs que se alojan llegue hasta 30 segundos, una barbaridad.
- He instalado un antivirus de pago en el VPS, pero no detecta vitus ni malware.
- Me conecto por ssh y usando algunos comandos básico puedo ver los procesos, y puedo matarlos momentáneamente, pero necesito identificar quién produce este consumo de más del 100% porque vuelve a repetirse a diario. No creo que sea mala configuración del servidor porque desde hace años, estaba todo ok hasta hace un par de meses en que comenzó esto. ¿Puede ser algún plugin de Wordpress o algún código, y en ese caso cómo lo identificaría o al menos cómo saber en qué dominio corre, para desinstalarlo?

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Intente con el comando top

Hola, gracias; ya estaba usando el comando top y con ello sabía cuál era el PID del proceso, y podía detenerlo con kill. Pero a las pocas horas vuelve a suceder otro u otros procesos. Por ejemplo la tabla del top me dice que el user responable del proceso es uno de los dominios, y el command es php-cgi. Con datos del top como estos ¿podría deducir qué plugin o dónde está el código que está consumiendo toda la CPU? Necesito saberlo para eliminar el problema definitivamente.

Podría ser que tiene muchos procesos php en el servidor corriendo o un script php mal formado (incorrecto).

Poniéndome en lo peor seria una indicación de que ha sido "pirateado" (las personas que envían grandes cantidades de correo no deseado o ataques Dos a través de un servidor web comprometido usarán mucha CPU) pero esto descartado por que según dijo esta desahogado de trafico...

PHP puede causar un alto uso de la CPU cuando hay problemas para obtener el resultado deseado del servidor. Particularmente debido a los permisos desordenados en algunas directorios y la falta de privilegios de usuario adecuados, otro escenario para los problemas del sitio web PHP surge cuando cierta recuperación de contenido se realiza desde un servidor diferente. En tales casos, si hay un firewall o antivirus que impide que el contenido llegue al sitio, PHP espera permanentemente para terminar de cargar la página. Como resultado, también causaría un alto uso de la CPU.

Contacteles y que algún ingeniero de soporte comprueben cual es el dominio que esta consumiendo tanto y que script es para así desactivarlo o modificarlo.

¡Gracias! Me ha sido de ayuda tu respuesta.
En efecto, no parece haber malware ni spoofing según el antivirus instalado. Así que iré revisando de forma ordenada el resto de las causas que me indicas, para aislar el problema, ya que al no ser un VPS administrado - cosa que no puedo permitirme por el precio, de momento - la asistencia técnica del hosting no quiere darme información más localizada. 
Muchas gracias de nuevo, un saludo.

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