Como se tributación extinción condominio

Tenemos una duda y la Notaria no nos la resuelve, y como no podemos acudir a la Junta en Burgos, a ver si por este metidol nos podemos aclarar.

Mi hermana y yo tenemos por herencia de nuestros padres dos propiedades, una de ellas que es la vivienda en la ciudad y otra es una participación en una parcela rústica en un pueblo, es una participación que casi no tiene valor, pero está.

Mi hermana que quiere quedar con la vivienda e íbamos a hacer una extinción de condominio de la vivienda, así empezamos la tramitación ante Notario, nos hemos enterado que sólo tributa por IAJD que puede ser 1 ó 1,5% del valor que paga el otro comunero.

Pero ayer, cuando íbamos a firmar la escritura, en la Notaria nos preguntan que si tenemos más propiedades (parece ser que ellos no se habían leído la escritura de aceptación de herencia), y cuando le decimos que hay una pequeña parte de una finca (que tenemos con otros tios de mi madre), nos dice que entonces no saben si la Junta de Castilla y León nos va a liquidar por IAJD o por ITP, la diferencia era entre un 1 ó un 8 %., si aceptan extinción de condominio o no.