Actividad de Autónomo canarias y empleo

Soy autónoma en Canarias, pero tengo una oferta de empleo temporal en península, Se que no es incompatible el ser autónomo y estar también como empleada. Pero lo que no se es si se puede estando en comunidades autónomas distintas. ¿Cotizaría mi autónomo aquí en Canarias y por el empleo allá en península?. Manteniendo claro mi domicilio Fiscal en Canarias.