He visto tu pregunta por casualidad porque parece que la página ya no envía automáticamente las nuevas preguntas a los "expertos" en los distintos temas, o, al menos, no me la ha enviado a mí. Por eso han pasado tantos días desde que la hiciste. Espero que todavía te interese el asunto.
No me queda muy claro cuál es el problema. Entiendo que quieres arreglar con un BAT la salida de otro programa/herramienta que duplica los caracteres "^", pero también parece que quieres que cambie el ".5." por un ".6.", aunque esto podría ser una errata. Aunque no creo que este bat que aporto te resuelva el problema puede servir de base para hablar de algo concreto:
@echo off
set "cadena=^^1.5.3"
echo antes: %cadena%
set "cadena=%cadena:.5.=.6.%"
Echo despues: %cadena%