El circuito de funcionamiento de una bomba de piscina es con presión en dicho circuito. Cualquier perdida de presión, bien por fuga en las tuberías, bien por fugas en la bomba o filtro supone un incorrecto funcionamiento del circuito. Si como indicas la bomba pierde agua, no solo no esta ya funcionando bajo presión el circuito sino que esta entrando aire en el mismo. Repara esa fuga de agua en la bomba a ver si así se soluciona el problema.
En cuanto al bloqueo del skimmer, dado que existe otro circuito de aspiración que es el sumidero de la piscina, la bomba debería de aspirar igual aunque solo tuviera el circuito de sumidero operativo. Salvo que detectaras diferencias de funcionamiento poniendo solo el circuito de skimmer y solo el circuito de sumidero para la aspiración, en principio habría que descartar el atasco en ninguno de los ramales de esos circuitos.