¿Es legal descontar la cuota patronal a un trabajador?

Escribo esta pregunta porque somos un colectivo de investigadores postdoctorales con el siguiente dilema:
En 2021, llegó al Ministerio de Universidades unos fondos europeos EUNextGeneration para financiar la "recualificacion del sistema universitario". En el BOE se publicó una convocatoria general el la que decía "El importe mensual será de 3.500 euros brutos para los que soliciten realizar la estancia en el extranjero y 2.800 euros brutos para los que la realicen en España"
Desde el ministerio se concedió la subvención correspondiente a cada universidad que redactó y publicó su propia convocatoria. En concreto, en la universidad a la que nos referimos con esta pregunta, se lee lo siguiente en cuanto a retribuciones: "Tendrán una dotación económica mensual de 2.800 euros brutos para estancias en España, y de 3.500 euros brutos para estancias en el extranjero, financiándose las retribuciones brutas y la cuota patronal de la seguridad social"
El 99% de las personas beneficiarias, no siendo expertos en los ámbitos de contratos y nóminas, entendimos de esa frase que el sueldo bruto mensual era 2800 y 3500 eur respectivamente por lo que aplicamos a la convocatoria y hemos salido beneficiarios de la misma. A la hora de firmar los contratos, nos damos cuenta que en éstos, aparece las cantidades brutas de 2130,9 y 2663,62€ respectivamente.
Evidentemente, preguntamos en RRHH a qué se debe esta disminución del 34% en bruto, y nos dicen que la cuota patronal la descuentan de estas cantidades.

Las preguntas son, por tanto, ¿es legal descontar esta cuota de dicha subvención? Trabajaríamos a coste 0 para dicha universidad... ¿está bien redactada la convocatoria y esa frase de "financiandose la cuota de la patronal" no es, para nada, ambigua? ¿Somos el 99% de los beneficiarios los que cometimos el error de no comprender el texto? Y ¿Es legal NO PONER EL SUELDO BRUTO MÍNIMO A PERCIBIR POR EL TRABAJADOR en una convocatoria pública?

Debido a esto somos muchos los afectados que hemos abandonado otras oportunidades de trabajo y de contratos de investigación, que ahora, por esa ambigüedad, estamos hipotecando nuestra vida para poder seguir haciendo lo que nos apasiona...

Muchísimas gracias por leernos y asesorarnos. Cualquier ayuda o punto de vista es bienvenida.