Tengo un contrato por cuenta ajena y además también soy autónomo, ¿Puedo pedir la baja sanitaria solo en autónomos?

Vivo en Gipuzkoa. Tengo un trabajo a media jornada por cuenta ajena, hace 4 años reduje la jornada para pode emprender una carrera como freelance. Durante ese tiempo he ido compaginando el trabajo bien, pero ahora el trabajo de freelance me está generando verdaderos problemas de salud (concretamente psíquicos estrés, ansiedad, ...) ¿Puedo pedir la baja como autónomo y seguir trabajando a media jornada?