Como quitar lo paréntesis que contiene un texto en un archivo .txt con un bat

Prueba con este bat:

@echo off
Setlocal EnableDelayedExpansion
set carpeta=d:\carpeta prueba
set archivo=entrada.txt
pushd %carpeta%
del /q salida.txt>nul 2>&1
for /f "usebackq tokens=*" %%x in (%archivo%) do (
   set linea=%%x
   set linea=!linea:^(=!
   set linea=!linea:^)=!
   Echo ! Linea!>>salida.txt
   )
Popd

En la variable CARPETA pones la ruta de la carpeta en la que está el archivo cuyas líneas quieres modificar (eliminando los paréntesis de todas ellas) y en la variable ARCHIVO el nombre del archivo. La salida la dejará en el archivo SALIDA.TXT