Salir de España habiendo estado irregular y volver con familiar de la UE.

En febrero mi pareja (ciudadana europea) y yo tenemos que viajar por 3 meses a Argentina y volver, a todo esto mi residencia está en trámite. La pregunta es: Puedo volver sin problema aunque en el peor de los casos sellen mi pasaporte por exceder el plazo permitido de turista, o con entrar con mi pareja legal de Europa es suficiente. ¿En todo caso esto afectaría a mi residencia en trámite?