Puntuación discapacidad fuera de plazo

He realizado la inscripción de mi hijo para el instituto, con puntuación estándar. Mi hijo es plaza NEE y no nos han dado el instituto que hemos solicitado cómo primera opción porque en el sorteo se ha quedado fuera. Hemos hecho una reclamación porque mientras se tramitaba la inscripción y la adjudicación de las plazas, mi hijo estaba a la espera de respuesta de la discapacidad. Dicha respuesta nos llegó aceptada con el 33% pero fuera de plazo, es decir llegó cuándo ya estaban asignadas las plazas. La resolución de la discapacidad es con carácter retroactivo y la ley indica que mi hijo tiene derecho a los beneficios de tener la discapacidad con esa retroactividad. Nos ha llamado la inspectora y no nos quiere aceptar esos puntos extras de la discapacidad que nos permitiría tener acceso al instituto elegido cómo primera opción. ¿Tienen qué aceptarme esos puntos? ¿Qué puedo hacer si me rechazan la reclamación?.