Como aplicar bonificaciones en las nóminas?

Las bonificaciones de los contratos de alternancia (en SS, ¿tutorización) se aplican en la nómina y deben aparecer en ella? ¿O simplemente la SS cuando te pasa el recibo te lo descuenta directamente de las cotizaciones sociales? Lo digo porque mi gestor me ha mandado la primera nómina de la trabajadora q lleva con nosotros 5 días y en ella no veo bonificación alguna