Hola. Si lo que hicistes fue copiar toda la carpeta Favoritos que hay dentro del directorio C:\windows, entonces simplemente vuelvelo a copiar desde el disco D sobreescribiendo al que acabas de instalar en el mismo directorio. Si solo copiastes...
Haber compañero,no se si as solucionado ese problema que tienes,yo se muy poco o nada,pero veamos,yo he tenido un problema parecido al tuyo,prueba con este programa- (RegCleaner)lo encontraras en este sitio- www
