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No conozco este coche con detalle, pero si fuese mio calaría bien la distribución con una correa nueva y giraría el motor a mano para ver que pasa. Si no hubo avería, todo ira como la seda. Si la hubo lo vas a notar. Al girar a mano se pede oír...

Al desconectar la batería para el cambio del motor, el cambio en si no puede afectar a la programación de la centralita. Asegurate bien de que pusiste un motor de arranque igual al sustituido, de que le llega corriente y de que relé y motor funcionan...

Un consumo exagerado de identifica bien cuando al desconectar y conectar la batería se producen chispazos entre borna y terminal. Prueba, con paciencia, a ir quitando fusibles uno por uno para localizar el elemento que te la consume.