Cómo hacer un botellofono

Eso depende mucho de cómo esté hecha la botella (material, grosor del vidrio, etc.) Incluso entre botellas aparentemente iguales puede haber mínimas diferencias que pueden llegar a afectar a la afinación de la nota en gran medida.
La única forma de hacerlo es a ojo. Realmente no importa demasiado que las botellas den unas notas u otras (a menos que vayas a tocar acompañando a otros instrumentos), sino que estén bien afinadas entre sí. En ese caso, lo que tienes que hacer es llenar una de las botellas al máximo, y ésa será la que te dé la nota más grave. A partir de ahí, es cuestión de ir llenando el resto de las botellas a ojo, teniendo cuidado de que estén separadas medio tono entre sí (si vas a usar todas las notas), o los tonos y semitonos necesarios (si sólo vas a hacerte una escala mayor). Lo más fácil no es ir llenando las botellas para ir consiguiendo notas consecutivas, ya que así es fácil ir acumulando errores. Lo mejor es que, después de llenar la botella que vaya a dar la nota más grave, intentes llenar la que vaya a dar la octava (esa misma nota más aguda). Luego intenta rellenar la de la quinta (por ejemplo, si supones que la nota más grave es un do, con lo que la octava sería otro do, sería cuestión de que intentases afinar el sol). Luego puedes intentar meter la tercera, luego la cuarta, la sexta, y así sucesivamente. Es decir, no intentes ir llenando las botellas por orden (do, do#, re, re#, mi...), porque así te costará más.
Una vez tengas una serie de botellas afinadas, haz una pequeña muesca a la altura del agua de cada una de ellas, para ir ya a cosa hecha la siguiente vez que las vayas a utilizar. El proceso tedioso del afinado sólo lo tienes que hacer la primera vez.
Como te dije, si vas a tocar sin ningún otro instrumento, no es importante cuál sea la primera nota, con lo cual lo lógico es aprovechar al máximo y llenar la botella todo lo posible. Si realmente quisieras que las notas fuesen notas "de verdad" necesitarías comparar la nota que da la botella más llena con un diapasón (o con cualquier instrumento que sepas qué nota te está dando) e ir quitando agua poco a poco, si es necesario, hasta llegar a dar la nota más grave posible, y a partir de ahí afinar el resto de botellas como te dije arriba. La ventaja de usar notas "de verdad" es que en lugar de fiarte de tu oído para afinar las botellas, puedes hacerlo con un afinador o con algún instrumento.