Uso de la escala pentatónica

Te sugiero primero entender mejor la escala, ver como esta construida y el por que de su estructura y funcionamiento, con eso podrás usarla mejor.

https://www.youtube.com/watch?v=0WjIonJT3nE&t=197s 

Con respecto a como empezar a tocar la escala, pues, no hay ninguna regla, pero yo te podría recomendar algunas cosas:
-Comienza en la nota fundamental del acorde, o sea, en este caso, FA.
-Comienza una 5º arriba de la nota fundamental del acorde base, o sea, en este caso DO
-Comienza una tercera (menor o mayor, dependiendo del acorde) arriba de la nota fundamental, en este caso, como es Fa mayor, podrías empezar en LA pero esta nota se sale de la escala y dará un carácter un poco más alegre por lo que puedes tocar Sol#, en caso de que hubiese sido Fa menor, no hay problema porque tendrías que tocar sol# y esa nota si esta dentro de la escala.
-Comienza tocando la 7º menor arriba de la nota fundamental, en este caso seria re#.
En general, no habría problemas para empezar desde cualquier nota, siempre y cuanto a tu oído suene bien.
Con respecto a qué seguir tocando cuando cambiamos de acordes, pues bien, se sigue tocando la misma escala, o sea, fa pentatónica pero con alunas modificaciones, por ejemplo:
Podemos agregar notas a la pentatónica que usemos dependiendo de los acordes que vayamos utilizando, o sea, si por ejemplo vamos a cambiar al acorde de re menor, podemos agregar las notas que componen a este acorde, o sea, re-fa-la, y también podríamos agregar la 7º, o sea, do. Si nos fijmos, esas notas ya están contenidas en la escala así es que no habría problema. Luego cuando estemos tocando si bemol, podemos incluir las notas del acorde, o sea, sib-re-fa.
Eso dará un poco más de "propiedad" (por decirlo así) a la escala al pasar por tal o cual acordes.
Pero hay veces en que al empezar con un acorde mayor, la escala pentatónica no queda bien (puesto que es menor) y tenemos que ocupar la escala pentatónica de otro acorde, del acorde RELATIVO MENOR de dicho acorde mayor:
El acorde relativo menor de un acorde mayor es el que esta 3 semitonos abajo del acorde mayor, o sea, el acorde relativo menor de fa mayor es re menor.
Entonces deberemos tocar la escala pentatónica de re.
En general no hay reglas para hacer solos, solamente tu propio oído, si te suena bien, entonces esta bien, pero de alguna forma podemos ir guiándonos con ciertos consejillos que uno aprende.
Espero que te sirva de algo mi respuesta y suerte! Cualquier otra duda me preguntas y con gusto te ayudo si es que puedo.