Afinación

Para afinar la guitarra debes usar los armónicos de octava y no las cuerdas al aire, y si le bajas el tono a tope, mejor aún, ya que la nota que entrará al afinador será más pura y se reducirá la diferencia entre ataque y sustain y los armónicos que pueden enmascarar la fundamental. En una guitarra estable y bien ajustada no tiene por qué pasar eso, siendo más propio de guitarras con cuerdas finas (mal adaptadas para una pulsación fuerte) y/o mal ajustadas y/o envejecidas, que ya de por sí tienen tensiones que afectan en mayor o menor medida a todas las notas.
La afinación de una guitarra no es algo perfecto. Existe un pequeño margen en el que la afinación es musical. Depende de lo bien ajustada que esté la guitarra ese margen es "amplio" o tan estrecho puede resultarte imposible la afinación.
Por último, haz unas pruebas grabándote. Los músicos no escuchamos igual cuando estamos tocando que cuando sólo oímos. Considera obligatorio que la guitarra te la compruebe un experto. De entre las que han pasado por mis manos, diez entre 4.000 han tenido ajustes perfectos. El resto, ya lo sabes...