Cambio plaquetas suelo...

He adquirido recientemente un chalet del que quiero cambiar las baldosas del suelo muy oscuras para nuestro gusto. El chalet en cuestión 180 m2 y cuatro habitaciones tiene calefacción por suelo radiante, por lo cual no puedo picar libremente y hacer un tendido ya que si profundizo corro el riesgo de picar las tuberías. Mi idea en principio es despegar las baldosas con una máquina con cincel y posteriormente pegar las nuevas utilizando algún pegamento flexible de los que hay para suelos con este tipo de calefacciones. Por favor hazme algún comentario que me pueda ayudar, ¿tengo qué hacer algún tipo de junta de dilatación?, ¿Cómo?, ¿Cada cuántos metros?, si compro baldosas de distintos grosores para las distintas habitaciones de la casa ¿cómo consigo que todas queden al mismo nivel?, ¿Mayor cantidad de pegamento en las más finas y un poco menos en las más gruesas?. Cualquier ayuda sera muy bien recibida.