Entrada de agua en cámara de combustión

Tengo un problema que espero puedas resolverme:
Tengo una caldera Junkers Euromaxx ZWC 28 estanca. Debido a un chubasco muy fuerte en la zona donde vivo me ha entrado agua en la caldera por la chimenea.
Al principio la caldera no arrancaba por el código de error C6 (no arrancaba el presostato porque tenía un poco de agua en el tubo).
Además a la cámara de combustión debió entrarle bastante agua porque el material aislante está húmedo, y ni con un secador se puede quitar toda la humedad.
Al arrancar la caldera va como a saltos, pero solo cuando requiere mucha potencia. Supongo que es por el exceso de humedad que hay dentro de la cámara de combustión.
Mi pregunta es si ese material aislante ha quedado inservible con el agua y debe cambiarse, y si es peligroso poner en marcha la caldera hasta que se quite toda la humedad.
Por otra parte la chimenea tiene un codo nada más salir de la caldera, y después unos 2 metros casi en horizontal, con algo de subida. ¿Podría dejarla totalmente horizontal para evitar esta entrada de agua o debe tener algo de inclinación para la salida de humos?