Chimenea de obra para caldera de condensación.

Puedes forrarla de piedra o de lo que quieras. No sólo no es un problema, si no todo lo contrario, pues si respetas la sección del tubo, al forrarlo garantizas un mejor "tiro", pues se enfría menos.
Ten en cuenta que te he dicho "forrarlo", por lo tanto antes de hacer la chimenea o ya está colocado el tubo o debes saber la sección para que pase por su interior.
Lo que conduce este tubo son los restos de la cambustión, el aire lo toma la caldera.

El tubo de las de condensación debe ser de plástico, nunca metálico
el de entrada de aire como quieras, del material que quieras.
Ten en cuneta que el de plástico condenara mucha agua, osea que ten previsto donde desaguarlo

Tiene que hacer una chimenea de obra suficientemente amplia en cuadrado para que quepa el diámetro externo de la metálica . no hay ningún problema pero es redundante, puesto que la de chapa tiene que ponerla con aislante interno y forrarla de obra es como dos paredes . pero no hay problema salvo el del tamaño que hay que preveerlo,
Ejemplo:
Si necesita diámetro de salida 160, el diámetro exterior será 200 y por tanto la chimenea será un cuadrado mínimo de 22 x 22 interior libre .
No olvide puntuar

Una caldera de condensación se compone de 2 tubos metálicos y cada tubo es de 8cm de diámetro, por un tubo sale el humo hacia afuera y por el otro tubo entra el aire limpio hacia dentro de la caldera,,,,, con esto creo que prácticamente respondo a tus preguntas decirte que si se puede embutir el tubo de salida de humo a una chimenea de obra pero el coge el aire mejor sacarle hacia la calle por la pared exterior si es posible, ya importante tienes que dejar debajo de la caldera un desagüe de pvc de 25mm para la recogida de condensados,,,,, saludos y feliz año

La chimenea de obra es por estética queda mejor pero más seguro es conducir los gases de la caldera por un tubo de salida de gases inox es más estanco y a la hora de limpieza es mejor y si puede ir empotrada por el medio de la chimenea de obra un saludo

Las de condensación es preferible que tenga la chimenea a menos de 1,5 m y si puede ser en horizontal mejor.
Ya que si lo pones vertical, las calderas nuevas sacan mucho vapor de agua y si esta muy lejos la salida el vapor se transforma en agua y cae a la caldera terminando de estropearla.
Lo mejor poner la salida cerca y en la fachada no queda tan mal, ya que hay terminaciones muy estáticas y no estropea la fachada.

Desconozco el tema creo que iría mejor en construcción