La idea de la pieza en "L" invertida, es buena. Eso se llama, vierteaguas.
La forma de acollarlos, aparte de la silicona o cola blanca, si la ventana estuviera en crudo. Es con tornillos o clavos. Sino igual con el agua y los cambios de temperatura, se te desencola. Puedes hundirlos un poco más. Y luego enmasillar los agujeros y pintar por encima.
Lo tienes que hacer de madera. Y en la parte plana que irá por debajo... hacerle un corte a lo largo, de unos milímetros de fondo, para que el agua que quede colgando por debajo... llegue a la canal y acabe goteando, por fuera(que no entre dentro)(como en esta foto).
Además, en algunos sitios de bricolaje, este tipo de listón te lo venden a tiras de 2 ó 3 m, para cortar. Y ya te viene con la forma y el corte de debajo hecho.
Si la ventana es de dos hojas. Deberás hacer la junta entre los dos listones(uno a cada hoja), a inglete. Dejando más largo el listón de la hoja fija. Y cortando el de la que abre. De esta forma, podrás cerrar las hojas más ajustadas(no quedará tanto espacio entre las dos hojas). Y no entrará el agua. Si por lo que sea, se acabara colando el aguan por ese corte. Siempre le puedes pegar en la testa al lado fijo, un taco de goma fino, que presione un poco con la otra hoja al cerrar.
Espero haberme explicado bien y que se entienda. Si no es así o tienes cualquier otra pregunta. No dudes en decirlo.