Lo mejor es taparlas con tubo coarrugado de los de elecricista, que ya se fabrican en color azul y rojo para distinguir las tuberías de agua fría y caliente. De todas maneras los materiales actuales plásticos ( pex, polietileno, polibutileno, etc...) no se afectan por la acción química de los morteros, yesos, etc.
La costumbre y necesidad de tapar las tuberías surgió en especial por la utilización de tuberías de cobre, hierro y plomo, que eran muy afectadas por la corroxión.
De todas formas, taparlas no les hará ningún daño, hará que puedan dilatar y te facilitará su localización en el futuro si tienes que hacer algún cambio en la instalación o arreglar alguna avería.
La proporción de arena y cemento es la que uses normalmente, creo que 3:1 o 4:1 aprox.