Eliminar capa marrón en el fondo(creo que algas)

Me he comprado una casa de 2ªmano que tiene una piscina pequeña de Waterair muy sencilla, tiene la cesta del skimmer con la bolsa de filtrado esaybag y la salida del agua, no tiene bomba de desagüe.
Resulta que en los días de lluvias el agua se puso turbia y le eché floculante, con lo que el agua se puso transparente pero en el fondo se hizo una capa marrón. He pasado el limpiafondos manual un montón de veces y lo que pasa es que el agua se vuelve a poner turbia y al cabo de unas hora se vuelve a crear la capa marrón en el fondo, me da la impresión de que deben ser algas, ¿qué puedo hacer para eliminarlo?. Tampoco sé si estoy pasando bien el limpiafondos, como no tengo conexión para ponerlo meto la manguera dentro del skimmer, quita uno cesta de plástico que hay dentro de la bolsa de filtración y meto allí la manguera, pero es un rollo porque se sale todo el rato, ¿lo hago bien?