Reparación de parqué

Para empezar, por los datos que me das, supongo que tienes un parqué tradicional colocado en tablillas que van pegadas al suelo, no de tipo flotante, ya que indicas que has quitado las tablas en 40 cm2.
En cuanto al problema que te ha aparecido, la causa de que el parqué se abombe es siempre la humedad, bien por capilaridad (procedente del subpavimento) o de la superficie, si se ha caído una cantidad importante de agua. Si es lo primero, deberás asegurarte de que no tienes ninguna fuga de algún tubo que pase por esa zona, ya que podría volver a abombarse el nuevo parqué que coloques.
Una vez estés seguro de que no hay ningún problema, el proceso a seguir para arreglar el parqué es el siguiente:
1- Limpiar adecuadamente el subpavimento (que seguramente será de cemento, ya que si es de terrazo es más difícil que se abombe) de pegamento y astillas. Si hubiese terrazo, puedes utilizar salfumán (ojo, es un producto muy fuerte) para limpiar el poro adecuadamente.
2- Si es necesario, alisar la solera de cemento con mezcla al 3/1 (3 partes de cemento por 1 de arena) y esperar a que haya secado.
3- Fijar las tablas nuevas a este pavimento, con una cola especial para parqué (es distinta que la cola habitual de carpintero).
4- Lijar, con una lija fina, la superficie de las tablas nuevas.
5- Barnizar la superficie, con un barniz de poliuretano de 2 componentes (¡NO con un barniz normal!, ya que no tiene la misma resistencia ni "cuerpo"). Este tipo de barniz viene en dos recipientes distintos y, una vez mezclados, debe ser aplicado inmediatamente, por lo que deberás mezclar sólo la cantidad que vayas a usar (como suele venir en garrafas de varios litros, si vas a una tienda de parqué, tal vez te vendan una pequeña cantidad). Deberás aplicar 3 manos de este barniz.
El inconveniente de este tipo de reparaciones (aparte de ser un proceso complicado y delicado) es que, como el parqué estará colocado desde hace unos años, ya habrá cambiado a una tonalidad más oscura, por lo que la madera de la reparación tendrá un tono más claro. Esto sólo puede arreglarse mediante una restauración (acuchillado) del parqué de toda la habitación, con lo que la variación de tonalidad se produce en la puerta, que es más disimulado que tener un "pegote" en mitad de la habitación.
Si optas por realizar la restauración de toda la habitación, puesto que deberás acudir a un profesional, él mismo puede arreglarte el problema (siempre deberás asegurarte de que no hay humedad en el subpavimento).
Todo esto te lo he indicado suponiendo que tienes parqué pegado, si fuese parqué flotante, por favor indícamelo y te explicaré los pasos a seguir.
Espero haberte sido de ayuda, y si tienes alguna duda no dudes en consultármela.