Metazoo

Las diferencias son miles, morfológicas, anatómicas, metabólicas, etológicas,... y más especialmente porque los Protozoarios son un grupo muy numeroso, heterogeno y atípico, hasta el punto que los Taxonomos no se ponen de acuerdo y sitúan los miembros del grupo en ramas diferentes.
Sintetizando mucho, en ambos casos zoos significa animal, los protozoarios serían seres unicelulares muy simples, incluso agregaciones celulares básicos, sin especialización entre los componentes de la colonia celular, cuyo comportamiento y modo de vida recuerda a los de los animales superiores.
Y digo recuerda porque hay viene el problema, al ser tantas especies, géneros, ordenes tan diferentes, algunos podrían ser perfectamente pre-animales aunque otros muchos no.
Hay quien define un Reino Protozoa, y hay quien los incluye como varios Philum dentro de otros Reinos. Es muy variado hay organismos que viven como plantas, otros como animales, a medias estaré los dos, o nada que se los parezca.
Los Metazoos somos todos los animales, superiores e inferiores, todos tenemos muchas células, especializadas y tenemos un tamaño considerable (comparado a los protozoarios).
Los cordados, protocordados, cnidarios, anelidos, moluscos, artropodos, gusanos planos,... somos metazoarios o metazoos.
Ahora las diferencias concretas entre unos y otros nos llevarían media vida y parte de la otra. En un buen libro de Zoología y con tiempo encontraras mucha información.
Si necesitas algo ya sabes donde estoy.