Navegando en unidad lógica

Quiero instalar otro sistema operativo, el navegador y el antivirus en la unidad lógica, para cuando mi PC se contagie de algún virus o spywares, lo único que tenga que hacer sea formatear la unidad lógica y tener la partición primaria con su sistema operativo y archivos intactos.
Navego 4 horas diarias y aveces ni el norton limpia todos los virus.
¿Lo qué intento hacer innecesario?
Los virus podrían pasar fácilmente, de la unidad lógica, a la partición primaria, ¿aun si cada uno tiene su sistema operativo?