Placa de Video

Si el equipo con la otra tarjeta funcionaba bien, no creo que sea el problema de la BIOS, tiene`pinta de ser un problema de software, algo que hay ai que hace que el windows se bloquee cuando intenta apagarse, prueba desinstalando la tarjeta, y con la tarjeta desinstalada, apaga el equipo dos o tres veces, para ver si te da problemas, si no te los da, vuelve a instalar la tarjeta.
Si el problema persiste (supongo que si), informate si hay algún parche para ese tipo de tarjetas (puede que no sea totalmente compatible con algún componente de tu sistema), ademas bajate los drivers actualizados de tu tarjeta gráfica.

Si todo va bien, no hagas nada. Ten presente que cuando el ordenador envía este mensaje windows esta cerrado, la pantalla trabaja entonces en un modo estándar, sin controladores de video. Puede ocurrir y de hecho ocurre que al instalar el drive para tu gforce el sistema "pierde" esa información estándar que necesita para enviar ese mensaje. El error carece de importancia puesto que cuando inicias tu pc se ve todo correctamente. Si quieres prueba a desinstalar el controlador e instalarlo de nuevo...
Los archivos logos.sys y logow.sys en C:/Windows son imagenes Bitmap que establece el mensaje final "Windows se esta cerrando" "Ahora puede apagar el equipo...". Comprueba que exista. Si fueron borrados crea una imagen en el Paint y guardala con este nombre en C:/Windows
Si lo que ocurre es que el ordenador se bloquea y al reiniciar "salta" Scandisk el problema es más complejo y deberás contactar con Microsoft Windows. Te envío una pag relacionado con el tema:
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;es;835640

Haz una prueba, quita la geforce para ver si te sigue dando los problemas, y si es así, obviamente sera debido a eso, pero si los problemas empezaron nada más instalarla quizás sea por eso, okizas sea por ese tipo de windows, la informática es así de rara. Un problema puede ser por mil causas, otro procedimiento seria el de formatear pero es largo, bastante largo y seria una lastima trabajar tanto para que luego el problema siguiera. Intenta lo que te dije y ya me comentas vale.

La verdad que es muy raro lo que te pasa porque en general este tipo de cosas suceden en otro lugar y no al cierre de winodws.
Lo que te recomiendo es que verifiques que los drivers sean los más actalizados y los correspondientes para TU SISTEMA OPERATIVO.
Por el momento verifica esto, si se me ocurre o encuentro otra información te la haré llegar..
Suerte!

Estas tarjetas madres tienen un defecto que el que no se puede desactivar alguna pieza por lo mismo de que es solo una pieza. Yo he tenido estos problemas con modem ejemplo: se daña el modem y octo por poner uno nuevo y este funciona bien pero en el momento de tratar de desactivar el modem malo desde el bios con la opción modem disable el modem nuevo deja también de funcionar así que afuerzar debe de estar activado el modem malo, causando aveces conflictos. Igual para la video. Espero no se tu caso pero lo que debes de tratar de hacer es de estar al bios y desactivar la video que ya no ocuapas y quitar la memoria conpartida para esta tarjeta de video para evitar que aya conflicto entre tu nueva tarjeta. Que lo más seguro es que ahí conflicto y por ese motivo hace lo que hace.
Y la otra es que para que se apague automáticamente en propiedades de pantalla, protector de pantalla, energía, y en opciones avanzadas ahí una opción de compatibilidad de ahorro de energía o algo así. Activa esta opción y aver si así apaga automanticamente.

Estos son errores comunes de windows no hay mucho para ser ya que es muy difícil de determinar que lo esta causando si no te ocasiona más molestia que la comentas mi consejo es que lo dejes como esta sino podrías perder muchas horas tratando de resolverlo y quizás sea peor el remedio que la enfermedad