Gracias GAVEN666 por tu respuesta.
Desde que puse la pregunta no paro de darle vueltas al tema, y he encontrado un sistema que me esta dando buenos resultados.
Con un programa llamado USBVirusScan, he creado un archivo .bat que me abre el archivo que quiero al insertar el pendrive.
Este bat me abre un exe creado por mi que hace todo lo que te digo antes.
Pero el problema que tengo ahora, es que me intenta abrir ese archivo con cualquier pendrive que introduzco, y claro, ese archivo no existe en todos los pendrives.
Partiendo de la base de que un archivo bat son cadenas de comandos en ms/dos, ¿como podría hacer para que solo se ejecute ese archivo identificando el nombre del volumen o numero de serie del pendrive? O sea, que solo se ejecute el exe que he creado al insertar un pendrive con el numero de serie o nombre de volumen que yo quiera, donde esta el archivo a abrir.
Si me pudieras orientar por este camino, lo tendría casi resuelto.
No se si puedo poner links externos, este es el archivo en cuestión, el USBVirusScaner.
http://blog.didierstevens.com/programs/usbvirusscan/
La gente lo utiliza para ejecutar un antivirus automáticamente al insertar un pendrive.
Gracias por tu tiempo GAVEN666.