Check enginer prendido en Bora 2006

Buen día
Tengo un VW Bora 2.5L 2006 Tiptronic. Prendió el indicador de Check Enginer, en las mañanas temblaba el carro y el check parpadeaba piso el acelerador por algunos segundos y la luz se quedaba fija y deja de temblar. Lo lleve a escanear y salio falla en cilindro 1 y 2 lo revisaron y me dijeron que eran las bobinas, las cambie junto con las bujías (le puse de las normales por falta de efectivo). Dos días después se volvió a prender y parpadear el check enginer y el carro tiembla igual, lo empiezo a mover y el check enginer se quedaba fijo (ya no parpadeaba) y se le quitaba el temblor pero se escucha un cascabeleo en el motor que después de alcanzar su temperatura se quita, lo lleve a afinar porque pensaba que quiza eran los inyectores, cambiaron filtros, lavaron inyectores, cuerpo de acelaracion, le cambie las bujías por unas de platino. Las que le quitaron aunque no tenian ni un mes de uso estaban carbonizadas de la punta y pequeña parte de la rosca. El auto sigue igual pero Estos sintomas solo los presenta en las mañana, tiembla el motor acompañado del parpadeo de check enginer, cascabeleo; pero solo son un par de minutos, después desaparecen los sintomas y solo se queda fijo el indicador de check enginer; por las tardes después de salir de trabajar todo normal. Estaba pensando llevarlo con otro mecanico a q lo volvieran a escanear pero quisiera saber antes que es lo que le puede estar ocurriendo antes de llevarlo.
Muchas gracias