Por lo que veo la matriz marca con unos los elementos relacionados, de tal modo que si el conjunto es C={a1, a2, ...,an} entonces
ai R aj <==> Mij=1
Claramente se ve que la relación es reflexiva si y solo si la diagonal principal es todo 1.
También se ve claramente que tiene la propiedad simétrica si la matriz es simétrica respecto de la diagonal principal.
Y la propiedad transitiva es la que no se ve tan clara, veamos que se puede deducir.
Será simétrica cuando
(ai R aj) y (aj R ak) ==> ai R ak
o en forma matricial
Mij=1 y Mjk=1 ==> Mik=1
Esto quiere decir que la fila i tendrá los 1 de la fila j y la columna k los 1 de la columna j
Esto quiere decir que si por ejemplo
Una fila tiene 100110011
las filas 1, 4,5, 8 y 9 también tienen 100110011
Y si una columna tiene
101011001
las columnas 1, 3, 5, 6 y 9 también son 101011001
Vamos a verlo con un ejemplo. Sean los numeros 0 a 8 y la relación de equivalencia es
aRb <==> a-b es multiplo de 3
Esta relación tiene estas clase de equivalencia {(0,3,6), (1,4,7), {2,5,8)} y su matriz sería
1 0 0 1 0 0 1 0 0
0 1 0 0 1 0 0 1 0
0 0 1 0 0 1 0 0 1
1 0 0 1 0 0 1 0 0
0 1 0 0 1 0 0 1 0
0 0 1 0 0 1 0 0 1
1 0 0 1 0 0 1 0 0
0 1 0 0 1 0 0 1 0
0 0 1 0 0 1 0 0 1
La fila 1 es igual que aquellas filas donde hay un 1 en la fila primera O si lo quieres mirar de otra forma, si transpones la fila primera alli donde haya un 1 esa fila será igual. LO mismo sirve para otra fila
Si tomamos una fila, las columnas donde hay 1 en esa fila y las filas donde esas columnas tienen 1 se forma una cuadricula con todo 1.
Mucho mas facíl sería ver esa cuadrícula si pusiermos los números en este orden
0,3,6,1,4,7,2,5,8
la matriz sería
1 1 1 0 0 0 0 0 0
1 1 1 0 0 0 0 0 0
1 1 1 0 0 0 0 0 0
0 0 0 1 1 1 0 0 0
0 0 0 1 1 1 0 0 0
0 0 0 1 1 1 0 0 0
0 0 0 0 0 0 1 1 1
0 0 0 0 0 0 1 1 1
0 0 0 0 0 0 1 1 1
Y eso es todo, la verdad es que es difícil explicar sin pizarra o bolígrafo.