Pes la verdad es que el problema es complicado ya que depende mucho de el radio del cilindro y el área de la caja puede que te convenga mas una cosa o otra.
Por ejemplo el caso que expones donde la caja mide 32x23 cm y el cilindro 6.5.
En este caso si colocas los cilindros de forma lineal quedaría así:
$$\begin{align}&\text{32 de largo y 23 de ancho entonces si dividimos}\\ &\\ &\frac{32}{6.5}=4 \text{ y nos sobran 6 cm (no cabe otro cilindro)}\\ &\text{}\\ &\frac{23}{6.5}=3 \text{ y nos sobran 3.5 cm (no cabe otro cilindro)} \\ &\end{align}$$
Nota: Si te cuesta trabajo sacar lo que sobra se saca haciendo la división y la parte decimal la multiplicas por el 6.5 que es entre lo que la estas dividiendo. Ej. 32/6.5=4.923076923076923, 4 es la parte entera y 0.923076923076923*6.5=6 que son los centímetros que te sobran.
Entonces te cabrían 12 cilindros (3 a lo ancho x4 a lo largo).
Para saber cuanto desperdicias sacas el área de los cilindros y el área de la caja.
$$\begin{align}&cilindros=\pi*diametro=\pi*6.5=20.42\\ &20.42*12cilindros=245.04\\ &caja=lado*lado=32*23=736\\ &736-245.04=490.96\end{align}$$
Estarias desperdiciando 490.96.
Pero si en la fila de 4 cilindros te sobran 3.5cm entonces si distribuyes esa fila tendrias 3 separaciones de aproximadamente 3.5/3espacios = 1.1667cm.
(Para esto tendría que mandarte un dibujo pero ahorita no tengo como mandártelo)
Pero el chiste de esto es que al poner un cilindro entre estos espacios se forma un triangulo entre sus centros (imaginatelo es el que queda en medio y los dos que quedan al lado)
Es un triangulo de base 3.25 de un radio y 3.25 del otro mas 1.1667 del espacio es igual a
7.6667cm de base y otros dos lados de 6.5(la suma de los 2 radios).
Podríamos formar un triangulo rectángulo de 3.8333 de base(7.66667/2) hipotenusa de 6.5 (que es la suma de los 2 radios) y por teorema de pitagoras:
$$\begin{align}&h=\sqrt{c^2+c^2}\\ &despejando\\ &c=\sqrt{h^2-c^2}\\ &c=\sqrt{6.5^2-3.8333^2}=5.25\end{align}$$
Los 5.25 es el espacio que ahorras en vez de los 6.5.
Esto lo multiplicas por 3 que son los espacios que tienen esta medida serian 15.75 mas 6.5 (que es la suma de los dos radios de la orilla que son de 3.25) y nos da 22.25 que quiere decir que si cabe la lo ancho que es de 23.
Con este acomodo de cabrían 15 cilindros que son 3 mas de los que te cabrían con el otro acomodo.
Notese que si la caja midiera 22 de ancho solo nos cabrían 11 cilindros y nos convendría mas el otro acomodo, así que por eso comento que depende de la caja y del cilindro que acomodo ocuparías.
Seria mejor que te lo pudiera explicar con imagenes no se si quieras que te apoye con una video conferencia o por algun otro medio. Tembién podria realizarte algún programita que te ayude a decidir.