Química orgánica

La pregunta que haces es muy interesante y puede sorprender a muchos si solo se mira una parte de la reacción. Es cierto lo que vos decís sobre que pareciera incompatible, pero el hecho es que la reacción en realidad sucede de una manera diferente y los que se une no son los dos grupos nucleofilos ... esto es así ...
Primeramente hay que recordar que la reacción de Michael es una reacción de un compuesto carbonilico alfa-beta insaturado. Esto es, un carbonilo con doble enlace entre el carbono alfa y beta (los que siguen al carbonilo). Este tipo de compuesto reacciona con una sustancia razonablemente ácida, que pierde un H y se convierte en un carbanion. En general, son compuestos con un grupo -CH2- entre grupos muy atractores de electrones.
Lo primero que hay que notar entonces es que la reacción tiene lugar en medio básico. La base es capaz de quitarle ese H+ al grupo -CH2- y convertirlo en un anion, como ya dije. Ahora, lo que hay que notar es que ese carbanion solo va a reaccionar con una sustancia que tenga un centro deficiente en electrones (electropositivo). Así que lo que tenemos que ver es donde podemos enconrtrar un carbono electropositivo en el compuesto carbonilico alfa beta insaturado.
Un carbionilo con estas características esta en realidad en un sistema conjugado llamado equilobrio ceto-enolico, así, esta en equilibrio entre estas formas :
R-C*=CH-C=0 <-> R-C*-C=C-O-
Carbonilo <-> enol
El nucleofilo (carbanion que perdio un H+) ataca entonces a la forma enolica del carbonilo justamente en el carbono que marque con un asterisco. Este carbono, puede verse que por efecto de la resonancia de los electrones en la cadena, queda deficiente en electrones (en un papel se veria mejor, pero estoy limitada para dibujarlo mejor, mis disculpas) y es justamente ahi donde va a atacar el anion, y no sobre la parte negativa que queda ... asi que es compatible porque en realidad la reacci0on no sucede entre los grupos negativos, sino que en una de las moleculas, al formarse un anion deja a un carbono mas electropositivo y es ahi deonde el otro reactivo ataca.
Ejemplo:
(el * sera carga -)
Paso 1:
CN-CH2-COOCH3 + :Base ---> H:Base + CN-CH*-COOCH3
Paso2:
(-C=C-C=O <-> -C(+)-C=C-O* )
(En realidad no están en equilibrio, pero hay una cuando se le acerca el reactivo, el equilibrio cetoenolico tiene lugar y directamente reacciona en el carbono 3 contando desde el oxigeno):
-C(+)-C=C-O* + CN-CH*-COOCH3 >>> el CH* se une al C(+) del otro.
Espero que se entienda y sino me podes volver a preguntar que te lo aclaro mejor o te envío por mail la reacción mejor dibujada, porque esto es muy limitado ...