¿Dónde han ido a parar los huesos de los animales que debieron morir durante el proceso de mutación?

Primero, nunca han existido monos con alas y con escamas, los únicos mamíferos desarrolladores de alas han sido los murciélagos, y con escamas los pangolines, armadillos etc..., y otra cosa, es natural que no queden huesos, porque se pudren... ya es suerte que queden fósiles de animales extintos para que puedan ser estudiados, los huesos se pudren como cualquier otro tejido, los que han quedado hasta nuestros días ha sido porque se han conservado en condiciones muy especiales que permitieron su focilización, se sedimentaron, se congelaron etc... los huesos el aire libre después de mucho tiempo acaban haciéndose polvillo.

Con la reproducción sexual se produce una variación del contenido genético mucho más amplia de generación en generación así que las mutaciones se pueden dar con más facilidad.
Una mutación es un cambio en el ADN de una especie que se produce al azar. Resulta que cuando se copian las células para formar los gametos (Óvulos y espermatozoides), hay un momento en el que se copia el contenido genético (ADN) y a veces se produce un fallo en la copia dando lugar a un ser con un contenido genético diferente. Pero ojo, las mutaciones sólo se van a heredar a la descendencia si se pruducen en los gametos. Normalmente las mutaciones no afectan en nada al individuo, aunque a veces sí, así que el nuevo individuo puede salir totalmente distinto de sus padres o presentar solamente una pequeña variación y ser muy parecido.
Actualmente la teoría más acepada de la evolución es el Neo Dawinismo. Que tiene que ver plenamente con lo que te acabo de explicar de las mutaciones. Esto explica que a veces surja una nueva especie que no tenga nada de ver con la anterior y surja de repente.
El archeocopterix era un ser primitivo que presentaba rasgos tanto de reptiles como de aves: tenía plumas, pico pero con dientes, alas que en su extremo tenían una garra... era sin duda un híbrido entre reptil y ave. Este fósil presenta evidencias de cómo los seres van evolucionando gradualmente. Sin embargo hay evidencias fósiles que muestran que a veces surge una especie de repente que no se deriva de ninguna otra, se mantiene durante un largo periodo sin cambios y de repente se extingue. Esto puede ser sencillamente porque no se han encontrado todas las pruebas fósiles o porque debido a las mutaciones sencillamente a veces sale de repente un nuevo ser vivo distinto de los anteriores sin haber pasado por una fase intermedia como le ocurría al archeocopterix.
¿Evolución a partir de mutaciones que se producen por error y de forma aleatoria? ¿Extinción de especies?
Los individuos de una misma especie pueden siempre reproducirse entre sí aunque haya a veces distintos variantes (razas, sin embargo se consideran seres de distinta especie a los que tienen tanta diferencia genética (que no tiene por que ser física) que ya no se pueden reproducir los de una con la otra.
Como te dige en ocasiones puede surgirde una mutación un ser totalmente nuevo y muy distinti a sus progenitores pero si esto ocurre sera tan distinto que no se podrá reproducir con nadie más y morirá sin dejar descendencia o puede que sencillamente no consiga adaptarse y muera. En conclusión cuando se produce un cambio tan brusco la mayoría de las veces no sobrevive el nuevo ser. Así que los cambios suelen ser más graduales. Por ejemplo en áfrica hay leopardos y en sudamérica pumas, de alguna de estas dos especies se produjo una mutación y salio una nueva, que podía cruzarse y convivir con la otra, pero cuando áfrica y sudamérica se separaron, las condiciones climáticas cambiaron y en cada uno de los sitios solo conseguí sobrevivir uno de ellos. Y cada vez estos fueron evolucionando poco a poco por separado hasta convertirse hoy en dos especies totalmente distintas.
Evolución y selección natural
La teoría de la seleccinm natural esta plenamente aceptada por los científicos de hoy en día, consiste en que en un determinado medio sólo sobreviven los individuos mejores preparados. Por ejemplo pongamos el caso de unas polillas blancas que evolucionaron a polillas negras.: Supone que en un bosque habitan una polillas blancas que al posarse en el tronco de los arboles para alimentarse son muy vistosas a los ojos de los pájaros y estos se las comen, de modo que de 100 polillas que nacen, 50 son comidas por los pájaros, es decir sobrevive el 50%. Un día se produjo una mutación en los gametos de una y esta mutación originó que naciera una polilla negra en lugar de blanca, esta polilla al posarse en el tronco de un árbol queda mejor camuflada que las blancas, así que tiene menos posibilidades de ser comida por un pájaro. Cuando esta polilla negra se cruce con una de las blancas, imaginate que ponen 1000 huevos, pues de esos 1000, pongamos que nacen 250 polillas negras y 750 polillas de las blancas. Nacen menos polillas negras que blancas pero como están mejor preparadas para ese ambiente cada vez ira habiendo más polillas negras que blancas, ya que de las polillas negras slo un 15% son comidas por los pájaros mientras que un 50% son comidas de las blancas. Así que cada vez ira habiendo más polillas negras y las blancas terminaran por extinguirse en esa región lo que no quiere decir que en otra parte del mundo no sigan quedando esas mimas polillas blancas. Esta es una forma de evolución gradual por una mutación genética mediante la selección natural.
Las especies también pueden extinguirse a veces de repente en catástrofes como glaciaciones, inundaciones, caídas de meteoritos...

Aquí están las respuestas a las preguntas que me formulaste, y perdón por la demora:
-La reproducción sexual se originó inicialmente como un proceso de intercambio genético realizado por organismos procariotas, es decir bacterias, de las cuales hoy en día existen diversas especies que poseen unas estructuras denominadas pili o fimbrias, las cuales son como una especie de "vellosidades" presentes en su superficie que les permiten realizar un intercambio de plásmidos (ADN no cromosomal), lo cual les permite adquirir características especiales (resistencia a antibióticos, etc). En algún momento de la evolución, y gracias a las enormes ventajas de este tipo de intercambio (recuerda las grandes ventajas que posee la reproducción sexual al proporcionar variabilidad poblacional, entre otras), se logra la integración de estos fragmentos de DNA al material cromosomal, donde después se especializa al surgir los organismos multicelulares.
- En cuanto a tu otra pregunta, lo que ocurre es que tienes una confusión. Debes recordar que el fenómeno de la vida es algo extremadamente flexible, donde no se pueden aplicar los mismos postulados para todo: La evolución no siempre se da a nivel gradual. Si recuerdas los postulados básicos de la genética mendeliana, existen diversos tipos de alelos para la misma características, es decir, variaciones en torno a una misma estructura (Ej. El color de la piel), por lo cual las mutaciones no siempre se van a expresar en la misma generación en la que surgen. En vez de esto, se van acumulando diversas mutaciones que proporcionan características diferentes, las cuales en determinado momento se expresan y generan esructuras nuevas, diferentes y funcionales. Debido a esto, se dice que la evolución es hasta cierto punto saltacionista. Espero haber solucionado tus dudas, no olvides realizar la puntuación.

Espero que lo que escribí en respuesta hace un tiempo haya sido de ayuda. Si no necesitas más de mi, me gustaría que finalizaras y punturaras mi respuesta.
Recuerda que para cualquier otra duda que tengas estoy disponnible para responderte.
Suerte.
Bladedeckard