¿En qué momento es mejor hacer cardio?

Si, el cardio en tu caso conviene hacerlo después de las pesas. Lo único que yo cambiaría es la rutina. Después de casi tres meses ya debes poder hacer rutinas divididas con más peso y menos repeticiones. A mayor masa muscular, más calorías se queman, incluso en reposo.
Tampoco te preocupes, en principio, por el peso. Puede ser que peses lo mismo, pero seguro que no es la misma proporción de masa magra y masa grasa que cuando empezaste. El músculo pesa más que la grasa, así que lo que probablemente ha pasado (lo digo sin ver el antes y el después), es que hayas reducido grasa y aumentado tamaño muscular.
Ánimo y Sigue así.

Hola carlos68 gracias por tu ayuda, dejame decirte que si estoy un poco desesperadita porque en masa magra tengo 29% y no la he aumentado en el tiempo que llevo haciendo ejercicio. Es más ni si quiera he bajado la masa grasa. ¿Me podrías dar una rutina?

Antes de hablar de rutinas, que se pueden cambiar, claro, me gustaría saber cuantos días por semana haces el programa. Y lo que es más importante, la dieta que sigues, ¿te la ha diseñado un nutricionista?

La dieta que llevo me la dio un nutriologo, él me lleva el control de peso, que por cierto estoy estancada ya que tengo 3 semanas que no he bajado nada. Al gym voy lunes, martes, miércoles y viernes. En esta semana no seguí la dieta.

Pues a razón de 4 días por semana, no debería haber razón para no perder peso paulatinamente.
En cualquier caso, no abandones la dieta, ni tampoco desesperes. Las cosas de palacio van despacio, y a veces la falta de paciencia nos hacen abandonar al no ver los resultados deseados. Persevera y más pronto que tarde verás recompensados tus esfuerzos. En cualquier caso, no estaría demás que comentaras la dieta con tu nutricionista.
¿Te han hecho alguna vez pruebas de tiroides?