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Yo te recomiendo que te tomes los aminoácidos antes del entrenamiento, en especial si son ramificados ya que se ha demostrado que el músculo recurre a ellos como fuente de energía durante el ejercicio. De esta manera si los tienes circulando por el torrente sanguíneo evitarás que se extraigan de la proteína que forma tu masa corporal.
Por otro lado la proteína de suero es una proteína rica en este tipo de aminoácidos y no tiene sentido tomar aminoácidos al mismo tiempo que la proteína porque no los aprovecharás todo lo que pudieras.
Así que si sigues mi consejo toma la proteína después y los aminos antes de la sesión de entrenamiento.