IRPF autónomo

Buenas, tengo un serio problema:
Hace unos meses llegué a un acuerdo con una universidad alemana para la realización de un trabajo y para pagarme me decían que me diera de alta como autónomo y tal.
Después de informarme de los gastos que conllevaba, decidí darme de alta de autónomo y todo ha ido bien hasta que me encuentro que al hacer la declaración trimestral por el pago fraccionado alguien me informó mal.
En la delegación de la agencia tributaria de mi ciudad, me dijeron que por ser nuevo en el régimen de autónomos, sólo tendría que pagar el 7% del IRPF en la declaración trimestral. Me dijeron que en el modelo sólo aparecía el 20%, pero que ajustara las cuentas para que pagase sólo el 7% de la siguiente forma:
¿Supongamos qué he cobrado 1000? , el 7% es 70?, ¿Cómo 70? Es el 20% de 350?, ¿Pues tendría que poner que mis beneficios han sido de 350? ¿Para qué al hacerle el 20% pague sólo esos 70? Que me corresponden.
Hasta ahí bien y yo hice mis cuentas... Lo que pasa es que al llevar la declaración a un asesor amigo, me ha dicho que eso no puedo hacerlo así, que yo tengo que pagar el 20% de IRPF sí o sí... Que lo del 7% es una cuestión de retenciones y que yo no tengo retenciones. Con esto me encuentro con que el pago acaba siendo ridículo para el trabajo que he hecho... Y encima, por todo este lio que tengo, se me ha pasado el plazo y ahora tendré que echar la declaración fuera de plazo, con lo que conlleva una sanción.
¿Alguien puede decirme si es posible hacer las cosas como me dijeron en hacienda? ¿O lleva razón el asesor?
Por otra parte... ¿alguien sabe cuanto tendré que pagar por la sanción?
Gracias de antemano