Sobre Asiento Apertura

El asiento de apertura debe ser el primero del año. Si el programa no reorganiza bien los asientos puedes solucionarlo cambiando la fecha de todos lo asientos del día 01/01 y poneres la fecha 02/01 excepto al de apertura. Al volver a reordenar los asientos, seguro que asignará el número 1 al de apertura. En el caso del Contaplus, existe la opción de indicarle al programa qué número tiene el asiento de apertura y así, al reorganizar, lo pone el primero.
No hay problema a la hora de legalizar los libros o depositar las cuentas porque el Registro Mercantil no analiza los asientos contables. Solamente en el caso de una inspección podrían poner alguna objeción pero que seguramente quedaría sin consecuencias en cuanto se aclarara el error. En definitiva no pasa nada si el asiento de apertura no es el número uno, pero en aras de tener clara la información contable principalmente para el caso de futuras comprobaciones, debería estar correctamente numerado.

No sé qué programa de contabiidad usas, pero en Contaplus, por ejemplo, hay una opción que es la "Renumeración de Asientos". En tu programa debe haber algo parecido.
No es correcto que el asiento de apertura sea otro distinto del nº. 1 ya que es el primer asiento que hay que hacer en todos los ejercicios.
Contaplus, también tiene la opción, cuando vas a imprimir los libros de renumerar los asientos, lo que permite que independientemente del número de asiento que tenga asignado en el programa, al imprimirse los asientos de fecha 1 de enero salgan en primer lugar.
El problema viene cuando se han hecho apuntes el día 1 de enero antes de el de apertura, porque puede que no salga el primero. La solución sería cambiar todos los asientos al día 2 excepto el de apertura.
Esto ya depende de las opciones y posibilidades que te ofrezca tu programa.