¿Qué empresas están obligadas a tener contabilidad?

L están obligadas a llevar contabilidad todas las sociedades anónimas, las limitadas, las cooperativas y los empresarios individuales que opten o estén obligados a tributar por el sistema normal de estimación directa.

¿Estimación directa te refieres al irpf no?

Si, me refiero a los autónomos. Hay dos tipos de estimación: directa y objetiva. Dentro de la directa hay dos sistemas: normal y simplificado. Casi nadie opta por el normal, porque sólo se está obligado a tributar por ese sistema los que facturen más de 600.000 euros al año. Así que casi todo el mundo está en el sistema simplificado y por lo tanto exento de llevar contabilidad, tan solo los libros de compras y gastos, ventas e ingresos y el de bienes de inversión.

Una cosita el sistema objetivo se basan en pagar un poco más de lo que tocaría a cambio de no llevar contabilidad y se basa en unos criterios objetivos por ejemplo un bar las mesas que tiene etc...
¿Y la directa normal es llevando la contabilidad a raja tabla no?
¿Y el sistema directo simplificado si no se lleva contabilidad como es?

La estimación objetiva es lo que se llama "módulos" y dependiendo de la actividad se pagar por m2 de local, consumo de luz, etc.
La estimación directa normal, es como dices, llevando la contabilidad como una S.L. no hay obligación si no se alcanzan los 600.000 euros de facturación anuales o 25 empleados.
El sistema simplificado no lleva contabilidad, sino tres libros de registro:
Ventas e ingresos.
Compras y gastos
Bienes de inversión.
El 98% de autónomos en España está en ese sistema.

Por último, en el sistema objetivo la cantidad a pagar del irpf se saca mediante los módulos que has dicho. ¿Pero en los otros dos como es? ¿Cuánto se paga de irpf y como?