IVA para las agencias de viajes

Las agencias de viajes tienen un régimen especial de IVA por el cual "Estarán exentos del impuesto los servicios prestados por los sujetos pasivos sometidos al régimen especial de las agencias de viajes cuando las entregas de bienes o prestaciones de servicios, adquiridos en beneficio del viajero y utilizados para efectuar el viaje, se realicen fuera de la Comunidad", lo que quiere decir que el viaje a la India que expones de ejemplo estaría exento de IVA.
La base imponible es el margen bruto de la agencia. Es decir, si el hotel te cobra 500 y tú al cliente le cobras 1000, la base imponible es la diferencia (500 en este caso). Se entiende que al cliente ya le cobras el IVA incluido porque no existe obligación de informarlo de forma separada. Si al cliente le cobras 1000, ya debe estar incluido el IVA. SI le cobras 1080, la base imponible aumentará (580) y por lo tanto pagarás más IVA. Contra más aumentes tu margen bruto, más cuota pagarás de IVA como es lógico.
En cuanto a los tipos a aplicar, no he encontrado la información actualizada y lo mejor sería que contactaras con la Agencia Tributaria para que te informen ellos.

Si tu como agencia si haces una reserva a un hotel para un cliente, el hotel te mandara una factura detallada, de todas forma el cliente pagara el iva del precio final del viaje que es del 18% y tu pagaras a hacienda el iva de tu comisión.