¿Cómo tengo que dar de baja el inmovilizado vendido ya amortizado con un precio de venta inferior al de compra?

Por la manera como haces la pregunta, entiendo que registras tus operaciones bajo el principio de costo histórico, en ese sentido te respondo. Podrías estar utilizando valores presentes pero para el caso creo que son otras onduras.
El valor en libros o contable del inmovilizado, esta dado por su valor de compra menos amortizaciones, más o menos valorizaciones o desvalorizaciones.
Si tenias el bien amortizado completamente, su valor libros será: su valor de salvamento, que se dibio haber establecido al ingresar el bien al negocio, o cero si no se estableció ningún valor de salvamento; añadiendo alguna valorización si existe.
Por lo tanto, el valor que se recibe por el bien sera una utilidad extraordinaria.
El activo se retira contra su amortización.
La valorización se reversa contra su respectiva partida en el patrimonio.

Es muy sencillo. El asiento contable a realizar es el siguiente:
Cuentas en el debe:
282... por el importe de la amortización acumulada
572/570/543... por el importe recibido (570/572) o si es a crédito (543)
Cuenta en el haber:
22... por el precio de adquisición del inmovilizado ( valor por el cual se encuentra contabilizado )
771... base imponible de la venta
477... iva de la venta
Si necesitas alguna aclaración más no dudes en hacérmelo saber.